V roce 1948 se Karel Reiner dostal do nezáviděníhodné situace. Stal se kolečkem v mocenské hře KSČ. Někteří ještě nezkorumpovaní komunisté se ho snažili získat do řad strany jako protiváhu k těm lidem, kteří šli hlavně za penězi a uchvácení moc. Bylo o něm známo, že již v třicátých letech sympatizoval s antifašistickou linií KSČ a že za okupace spolupracoval s komunistickými buňkami, jejichž prostřednictvím se snažil pomáhat diskriminovaným lidem. Proto byl pozván na Ministerstvo informací a osvěty, kde se ho snažili přesvědčit, že je třeba vstoupit do KSČ. Karel Reiner tomu tlaku podlehl a přihlášku do KSČ podepsal. Zůstal zaměstnanec OSA, ale do práce chodit nemusel. Stal se tak prvním skladatelem v této době, kdy se mohl výlučně věnovat pouze své skladatelské tvorbě, byť pouze pouhý rok. Co manželům Reinerovým v tuto dobu prosvětlilo život, bylo narození druhé dcery Kateřiny, jen několik hodin před Štědrým večerem.
Byla to ovšem doba, kdy v SSSR vypukla aféra se židovskými lékaři, obviněnými z podkopávání základů sovětského zřízení a tak i KSČ zvýšila svou
„ostražitost“vůči lidem židovského původu. Byl předvolán na ÚV KSČ, kde se měl zodpovídat, zda není stoupencem sionismu. Pohovor trval čtyři hodiny. Již tehdy litoval své přihlášky do KSČ. Následně měl po všechna ta léta připravený kufříček s nejnutnějšími věcmi. S tím, co by potřeboval, měl své zkušenosti. Přesto se po své tvůrčí dovolené dostal do vedoucí funkce hudebního oddělení Ústředního domu lidové tvořivosti. K jeho úkolům patřila i péče o lidové skladatele v tvorbě nových písní. Pro Karla Reinera byla tato činnost ve vedoucí funkci do jisté míry požehnáním a nikdo se neodvážil příliš ostře proti němu vystupovat. V dobách studené války a krize na Kubě podléhal ještě iluzím o progresivně socialisticky orientovaných zemích, ačkoli jemu i mnohým komunistickým intelektuálům bylo stále zřejmější, že stávající totalitní režim není schopen zajistit ekonomický rozvoj, ani lidem nabídnout demokratickou formu řízení a řešení občanských věcí.
Nejpozoruhodnější dílem v této době bylo složení hudby k filmu „Motýli tady nežijí“. Tento film byl dokument dětských kreseb z terezínské pevnosti v dramatickém sledu, a pak už jen s komentářem a hudbou Karla Reinera. Tento film vzbudil ohlas i v zahraničí. Později prohlásil, že teprve tímto filmem, touto hudbou, se mu podařilo uzavřít celé to děsivé údobí nacistické okupace a koncentračních táborů, jež v něm vězelo jako tíha na duši, bez šance zbavit se jí.
Motýli zde nežiji. Dokumentární film o životě židovských dětí které byli deportování do Terezína, podbarvující hudba Karla Reinera, využívající lidové motivy. Film získal Zlatou palmu 1959 v Cannes Dokument byl natočen na základě sbírky která se po válce, když se likvidovalo ghetto, našly na půdě jednoho dětské domova v Terezíně a obsahovala kolem pěti tisíc kreseb. Titul této sbírky byl inspirován básní jednoho židovského chlapce, která vznikla v Terezíně a končí slovy: „Motýla jsem tu neviděl. Motýli tady nežijí, v Ghettu.“
Symfonická předehra poprvé zazněla na 1. abnonentním koncertu Symfonického orchestru Československého rozhlasu za řízení Alosie Klímy 12. října 1964 ve Smetanově síni v Praze.
