Na den svátku patrona české země sv. Václava 28. 9. 1944 Karel opustil ghetto transportem práceschopných mužů, jako číslo 2381, v něm byl i Norbert Frýd a několik dalších vychovatelů. Karlův transport druhého dne večer dorazil do Osvětimi, kde se za obrovského hulákání a řevu esesmanů otevřely dveře jejich dobytčáku a všichni museli ven.
Zavazadel se chopili muži v pruhovaných mundůrech z tzv. kanady a roztřídili je pro jejich poslední „užitek“ Říši. Karla a ostatní pak nahnali do jakési stodoly, kde pod dohledem esesáků museli odevzdat hodinky i snubní prsteny, na další povel se museli svléknout, nechali jim jen boty a řemeny – ženy jejich věci posbíraly a odnesly. Nazí klusali do jiné haly, kde je dohola ostříhali a tupou břitvou oholili chlupy na těle. I zadek museli vystrčit a roztáhnout prsty, nemají-li tam nějaký diamant. Pak museli klusat na pár vteřin pod sprchy a hned k nějakému vězni s kbelíkem, který jim odporně páchnoucí pastou potřel hlavu a všechna do krve rozdrásaná místa na těle od holičů. Konečně se dostali do baráků s ohradou, kde měli bydlet. Byl to F2, cikánský lágr. Karel strávil v Birkenau 5–8 dní.
Přišla další selekce a formování do nového transportu. S Frýdem a dalšími dvěma učiteli z hajmů prošli poslední selekcí – ale mnoho známých už ne. Nahnali je do dobytčáku a tři noci a dva dny putovalo 90 mužů v jednom dobytčáku s jedním kbelíkem černé bryndy a jedním kbelíkem na exkrementy. Z vagonů je vyhnali uprostřed třetí noci na malé stanici Kaufering. Karel se dostal do tábora Kaufering 11 (Frýd, Kaufering 4), v každém po 3 000 lidech (pobočné tábory Dachau). Zařazen byl do aussenkomanda a pracoval na obrovské stavbě firmy Moll, v obřím podzemním hangáru, kde měla vyrůst letecká továrna. Z tábora Kaufering 11 byl Karel v dubnu 1945 přemístěn do č. 1, kde byli shromažďováni vězni z ostatních táborů. Čekal je pochod smrti.
Šli nejprve do tábora Dachau a odtud je vysílené, bez bot, v hadrech a hlavně v noci přesouvali pěšky někam do Alp. Šli okolo Mnichova na Weilheim a dále na Penzberg. Volní a svobodní se cítili už u Tegernsee, kde je u jednoho lomu, pravděpodobně 2. května, esesáci opustili. Přespali v nedaleké vesnici a na druhý den je objevili američtí vojáci. Ale nepostarali se o ně, protože měli před sebou naléhavější úkoly.
Vězni již svobodní se vydali do Mnichova, kde si je převzala americká vojenská policie a umístila je do jednoho domu. Druhý den je vypravili do Dachau, kde pracovala repatriační komise, která se starala o návrat vězňů domů. Ke Karlovu velkému překvapení se tu setkal s přítelem Frýdem, který tu Američanům tlumočil. Po nucené karanténě se mohli oba vydat domů. Krátce předtím stačil Karel poslat zprávu Aloisi Hábovi, že je naživu a vrací se domů. Nákladními auty dojeli do Plzně a odtud vlakem do Prahy. Na Wilsonovo nádraží dorazil 22.5.1945 v 18 hodin. Na Karla tu čekala manželka Hana, která se vrátila z Mauthausenu 19. 5. 1945 a po příjezdu zašla za Hábou, který již měl Karlův dopis z Dachau. Karel po návratu vážil 45 kg, ale byl šťastný, že se znovu narodil. 
